Nhằm đáp ứng những vấn đề môi trường phát sinh trong quá trình phát triển kinh tế-xã hội, ngày 18 tháng 01 năm 2000 Giám đốc Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh đã ra quyết định (số 14/QĐ/ĐHQG/TCCB) thành lập Khoa Môi Trường tại trường Đại học Khoa học Tự nhiên. Phó giáo sư Vũ Chí Hiếu, giảng viên Khoa Địa chất được giao nhiệm vụ tổ chức và lãnh đạo khoa mới này. Sự ra đời Khoa Môi Trường đánh dấu một mốc quan trọng trong việc đào tạo cán bộ khoa học cơ bản về Môi trường phù hợp với xu thế của Thế giới, đồng thời cũng là một mốc lớn trong việc đa dạng ngành đào tạo của Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, một trong những cơ sở đào tạo và nghiên cứu khoa học cơ bản lớn của Việt Nam.